Лекционный курс по частной вирусологии Вирусы вызывающие болезни жвачных и однокопытных (стр. 11 )

Название вида вируса	Название на русском языке	№ генома	Аббревиатура
Border disease virus BD31 X818	Вирус пограничной болезни овец BD31 X818	U70263 AF037405	BDV

Bovine viral diarrhea virus1 NADL Osloss SD-1 CP7	Вирус вирусной диареи КРС 1 NADL Osloss SD-1 CP7	M31182 M96687 M96751 U63479	BVDV-1
Bovine viral diarrhea virus2 Strain 890 C413	Вирус вирусной диареи КРС 2 Штамм 890 С413	U18059 AF002227	BVDV-1
Classical swine fever virus (Hog cholera virus) Alfort/187 Alfort-Tubingen Brescia C strain	Вирус классической чумы свиней (Вирус холеры свиней) Alfort/187 Alfort-Tubingen Brescia Штамм C	X87939 J04358 M31768 Z46258	CSFV

Предполагаемые виды: Pestivirus of giraffe.

Род: Hepaсivirus. Типовой вид: Нepatitis C virus (HCV) (вирус гепатита С).

Характерные особенности.Гепацивирусы распространяются между людьми, через контакт с контаминированной кровью или продуктами крови. Беспозвоночных переносчиков (векторов) нет. Гепацивирусы отличаются от флави - и пестивирусов неспособностью к эффективному накоплению в культурах клеток и по тому, что протеин-предшественник, состоящий из неструктурных (NS) протеинов 2 и 3, аутокаталитически разрезается по сайту соединения NS2-3 по цинк-зависимому механизму.

Характеристика вириона. Морфология.Вирионы сферические, оболочечные; диаметр около 50 нм. Вирусный кор сферический, около 30 нм в диаметре. Инактивируются при обработке хлороформом. Детально структура вириона не изучена.

Плавучая плотность в сахарозе составляет 1,06 г/см3, если вирус выделен из сыворотки крови при остром течении инфекции, и 1,15-1,18 г/см3, если вирус выделен из сыворотки крови при хроническом течении инфекции. Более низкая плотность является результатом физической ассоциации вирионов с сывороточными низкоплотностными липопротеинами. Более высокая плотность появляется в следствие связывания вируса с сыворотчными антителами. Вирус гепатита С (HCV), полученный из культуры клеток, имеет плавучую плотность в сахарозе 1,12 г/см3. S20w 150S. Вирионы стабильны в буфере рН 8,0-8,7, но чувствителльны к нагреванию, органическим растворителям и детергентам.

Геном.РНК: односпиральная, позитивная, линейная; размер примерно 9,6 kb. 5’-конец содержит внутренний сайт входа рибосомы (IRES) и имеет длину 340 нуклеотидов. 3’-конец сложный и содержит вариабельные участки (примерно 50 нуклеотидов), полипиримидиновый, различающийся по длине, участок (примерно 100 нуклеотидов) и высоко консервативный концевой участок (около 100 нуклеотидов).

Протеины.В состав вириона входит как минимум 3 протеина: коровый (нуклеокапсидный) протеин С (р19) и два оболочечных протеина Е1 (gp31) и Е2 (gp70). Дополнительный протеин р7 неполностью отрезается от предшественника Е2, что приводит к образованию Е2-р7 и р7, хотя не ясно, являются ли они структурными компонентами вириона. Два оболочечных протеина образуют в составе вириона гетеродимеры (вероятно нековалентно связанные). Распознаваемые неструктурные протеины включают: NS2 (Mr 21х103) – протеин, который до разрезания является частью цинк-зависимой протеиназы, соединяющей NS2 и NS3, и медиирующей аутокаталитическое разрезание по месту соединения NS2/NS3; NS3 (Mr 70х103) – протеин с активностью сериновой протеазы, хеликазы и NTP-азы (протеиназная активность используется для разрезания по сайтам между оставшимися неструктурными протеинами); NS4А (Mr 6х103) – кофактор, существенный для активности сериновой протеазы NS3; NS4В (Mr 27х103) (функция не известна); NS5А – сериновый фосфопротеин, с неясной функцией (Mr 56-58 х 103, в зависимости от степени фосфорилирования); NS5В (Mr 68х103) – протеин с активностью РНК-зависимой РНК-полимеразы.

Другие компоненты вириона.Наличие липидов не было показано непосредственно. Однако наблюдения по удалению вирусной оболочки и потере инфекционности при воздействии растворителей или детергентов свидетельствуют о присутствии липидов.

Углеводы также не идентифицировнны непосредственно, но наличие сайтов гликозилирования в предполагаемых кодирующих областях генов Е1 и Е2 и демонстрация углеводов, ассоциированных с продуктами этих двух генов, экспрессированных как рекомбинантные протеины, согласуется с наличием углеводов в составе вирионов.

Организация генома и репликация. Геномная РНК состоит из одной ORF, кодирующей полипротеин примерно в 3000 аминокислот. Порядок расположения генов: 5’-C-E1-E2-p7-NS2-NS3-NS4A-NS4B-NS5A-NS5B-3’. Все 3 структурных протеина (С, Е1 и Е2) кодируются в аминоконцевой части ORF. Непосредственно 3’ находится мелкий протеин р7, функция которого неизвестна. Идентифицированные структурные протеины кодируются в 3’-части ORF. Репликация изучена плохо, но есть данные, что она происходит в ассоциации с внутрицитоплазматическими мембранами. Репликативные формы вирусной РНК были обнаружены в ткани печени. Геномная РНК транслируется в полипротеин, который быстро процессируется ко - и посттрансляционно. Инициация трансляции происходит через IRES, расположенный внутри 5’-NCR, который также содержит несколько, расположенных близко друг к другу, AUGs. Транслокация структурных гликопротеинов в эндоплазматический ретикулум вероятно происходит с использованием внутренних сигнальных сиквенсов. Разрезание структурных протеинов осуществляется клеточными сигнальными пептидазами; вирусные протеазы разрезают все соединения между неструктурными протеинами. Сборка вирионов происходит, вероятно, путем почкования в везикулы.

Антигенные свойства.Вирусспецифические антитела к структурным протеинам (С, Е1 и Е2) и неструктурным протеинам (в основном NS3, NS4 и NS5) могут быть выявлены, с использованием рекомбинантных антигенов, в крови людей, инфицированных HCV. В формировании гуморального иммунного ответа участвуют конформационно-зависимые и линейные эпитопым HCV. Значительная гетерогенность по геному отражается в некоторой серологической гетерогенности гуморального иммунного ответа, особенно в отношении продукта гена NS4. Наиболее широкая гетерогенность обнаружена по N-концевым 27 аминокислотам Е2 (гипервариабельный участок 1, HVR-1). Есть данные, что HVR-1 является нейтрализующим эпитопом протеинов HCV и, что уклоняющиеся от нейтрализации варианты (эскейп-варианты) селектируются под влиянием иммунного ответа хозяина. Могут быть другие эпитопы нейтрализации, но они еще не определены. Клеточно-опосредованный иммунный ответ на все протеины HCV был показан, но его значимость не ясна. Однако есть свидетельства, что такой ответ ассоциируется с улучшением или прекращением инфекции. Из-за отсутствия системы культуры клеток, приемлемой для культивирования HCV, нет возможности широкого использования реакции нейтрализации in vitro. Отсутствие протективного иммунитета у шимпанзе, ранее инфицированных HCV, на реинфицирование другим штаммом HCV или даже тем же (сходные данные получены по естественной инфекции у людей), свидетельствует, что определение серотипов HCV затруднительно.

Биологические особенности. Спектр естественных хозяев. Естественным хозяином и резервуаром HCV является человек. Экспериментально инфекция передавалась шимпанзе. Других хозяев не идентифицировано.Пути распространения. Вирус гепатита С распространяется почти исключительно парентерально, через кровь. Эффективный скрининг донорской крови и использование инактивирующих процедур могут значительно снизить уровень распространения HCV через кровь и ее продукты, однако и другие пути заражения, особенно через нестерильные шприцы, остаются важнейшими факторами риска в развивающихся странах. Сообщалось о возможности инфцирования при половом контакте и перинатально. Географическое распространение. Вирус гепатита С распространен повсеместно. Данные (по детекции антител) свидетельствуют, что в развивающихся странах около 0,1-2,0% населения могут быть инфицированы HCV, но в некоторых уровень достигает 20%. Высокий уровень антителоносителей, может быть результатом использования контаминированных игл и шприцов. Примерно 3% населения Земли инфицировано HCV, что обусловливает развитие болезни у 170 миллионов человек.

Патогенность. Течение инфекции варьирует от субклинического до (редко) скоротечного (молниеносного). Персистенция вируса встречается в 80% случаев инфицирования. Из них около 20% переходит в хронический острый гепатит и цирроз. Персистентные инфекции эпидемиологически связаны с первичным раком печени, криптогенным циррозом и некоторыми формами аутоиммунного гепатита. Проявления HCV-инфекции вне печени сопровождаются смешанной криоглобулинемией в ассоциации с мембранопролиферативным гломерулонефритом и аутоиммунными состояниями. Тканевый тропизм. Сообщалось о репродукции вируса гепатита С в некоторых линиях клеток, происходящих из гепатоцитов и лимфоцитов, но накопление вируса было недостаточным для практического использования этих систем. In vivo HCV реплицируется в гепатоцитах при кажущемся отсутствии цитопатогенного эффекта.

Критерии подразделения на виды внутри рода. На основе гетерогенности нуклеотидного состава генома изолятов, полученных из разных регионов мира, вирус гепатита С был классифицирован на 6 генетических групп. Они были названы генотипами HCV 1-6. Генотипы различаются между собой на нуклеотидном уровне на 25-35%. Генотипы 7-11 описаны, но более широкий генетический анализ переместил вирусы генотипов 7-9 и 11 в генотип 6, а генотип 10 – в генотип 3. Шесть генотипов, в свою очередь, были подразделены еще на 100 субтипов, которые раличаются между собой на нуклеотидном уровне на 15-25%. Хотя генотипы различаются, подразделение на субтипы менее ясное, из-за перекрывания по степени гетерогенности. Было предложено подразделять (и классифицировать) основные генетические группы HCV на генотипы 1-6. Из-за невозможности, серотипирования изолятов HCV, и из-за отсутствия других таксономических характеристик основных генотипов, за исключением, географического распространения, все 6 генетических групп HCV, в настоящее время, составляют 1 вид.