Лекционный курс по частной вирусологии Вирусы вызывающие болезни жвачных и однокопытных (стр. 20 )

Критерии подразделения на виды внутри рода. Для подразделения на виды используются следующие критерии: Нуклеотидный сиквенс. Антигенные свойства. Спектр естественных хозяев. Патогенность. HTLV-1 и STLV-1 были отнесены в соответствующий кластер не по признаку спектра восприимчивых хозяев, а в соответствии с географическим распространением. Все описанные субтипы HTLV-1 наиболее вероятно возникли при межвидовой передаче от обезьян человеку. Например, Primate T-lymphotropic virus 1 (PTLV-1) отличается от Primate T-lymphotropic virus 2 (PTLV-2), впервую очередь, на основе филогенетических различий. Оба вируса имеют одинаковую кодирующую стратегию, но только PTLV-1 имеет отношение к болезни человека.

Виды (4 вида):

Название вида вируса	Название на русском языке	№ генома	Аббре-ра
Bovine leukemia virus	Вирус лейкемии (лейкоза) КРС	K02120	BLV
Primate Tlymphotropic virus 1 Human T-lymphotropic virus 1 Simian T-lymphotropic virus 1	Тлимфотропный вирус приматов1 Т-лимфотропный вирус человека1 Т-лимфотропный вирус обезьян 1	D13784	PTLV-1 HTLV-1 STLV-1
Primate Tlymphotropic virus 2 Human T-lymphotropic virus 2 Simian T-lymphotropic virus 2 (Formely termed STLV-PP)	Т-лимфотропный вирусприматов 2 Т-лимфотропный вирус человека 2 Т-лимфотропный вирусобезьян 2 (ранее называемый STLV-PP)	M10060	PTLV-2 HTLV-2 STLV-2
Primate Tlymphotropic virus 3 Simian T-lymphotropic virus 3 (Formely termed STLV-L)	Т-лимфотропный вирус приматов 3 Т-лимфотропный вирус обезьян 3 (ранее называемый STLV-L)	Y07616	PTLV-3 STLV-3

Род: Epsilonretrovirus.

Типовой вид: Walleye dermal sarcoma virus (WDSV) (вир дермальной саркомы (глаукомы)).

Все представители рода являются экзогенными ретровирусами. Имеют сложную структуру. Размер генома 11,7-12,8 kb, расположение генов: gag-pro-pol-env-orfA-orfB; 1-3 ORFs, кодирующие преимущественно дополнительные протеины. ORFa (вирусный гомолог циклину D) присутствует у всех трех ретровирусов, вызывающих глаукому. Функции двух других ORFs у вирусов глаукомы или одной ORF у ретровируса змееголова не определены. Размер LTR ретровирусов рыб варьирует от 500 до 650 нуклеотидов, 450 нуклеотидов – регион U3, 80 нуклеотидов – R, 75 нуклеотидов – U5. Филогенетический анализ участка полимеразы показал, что ретровирусы глаукомы и окуней образуют группу вирусов, отличающихся от ретровирусов змееголова. Тем не менее, на данный момент, все ретровирусы рыб оказались в одной группе с ретровирусами типа С млекопитающих.

Критерии подразделения на виды внутри рода. Для подразделения на виды используются следующие критерии: Нуклеотидный сиквенс и вирусный онкогенез. Аминокислотный сиквенс продуктов генов. Спектр естественных хозяев.

Данный род состоит из трех видов ретровирусов рыб, различающиеся между собой на основе филогенетического разнообразия. В даный таксон включены два предполагаемых вида. С появлением дополнительных данных ретровирус змееголова может быть выделен в отдельный род. Вирус гиперплазии окуней был секвенирован только по гену полимеразы и остается в статусе предполагаемого, пока не будет получена дополнительная информация по сиквенсу.

Виды (3 вида):

Название вида вируса	Название на русском языке	№ генома	Аббревиатура
Walleye dermal sarcoma virus	Вирус дермальной саркомы (глаукомы)	AF033822	WDSV
Walleye epidermal hyperplasia virus 1	Вирус эпидермальной гиперплазии (глаукомы) 1	AF014792	WEHV-1
Walleye epidermal hyperplasia virus 2	Вирус эпидермальной гиперплазии (глаукомы) 2	AF014793	WEHV-2

Предполагаемые виды (2): Perch hyperplasia virus (PHV) (вирус гиперплазии окуней)

Snakehead retrovirus (SnRV) [U26458] (ретровирус змееголова).

Род: Lentivirus. Типовой вид: Human immunodificiency virus 1 (HIV-1) вирус иммунодефицита человека 1.

Вирион имеет характерную морфологию, с прямоугольным или конусовидным кором (нуклеоидом). Сборка вириона происходит на клеточной мембране. Молекулярная масса протеинов: МА ± 17х103; СА ± 24х103; NC ± 7-11х103; PR ± 14х103; RT ± 66х103; DU (у всех кроме лентивирусов приматов); IN ± 32х103; SU ± 120х103; TM ± 41х103. Размер генома 9,3 kb; расположение генов: gag-pro-pol-vif-vpr-tat-rev-vpu-env-nef. Кроме основных генов gag-pro-pol-env присутствуют дополнительные гены (например для HIV-1: vif, vpr, tat, rev, vpu и nef), продукты которых участвуют в регуляции и синтезе вирусной РНК и других репликативных процессах. У других вирусов могут быть дополнительные гены неструктурных белков (например у HIV-2: vpx). Размер LTR 600 нуклеотидов, 450 нуклеотидов – регион U3, 100 нуклеотидов – R, 80 нуклеотидов – U5.

В состав рода входят экзогенные вирусы (с горизонтальной и вертикальной передачей) человека и многих других млекопитающих. О существовании родственных эндогенных вирусов сведений нет. Лентивирусы приматов отличаются по использованию хемокинового рецептора, протеина CD4 и по отсутствию DU. Некоторые группы проявляют перекрестную активность по антигенам Gag (лентивирусы овец, коз и кошек). Вирусы, родственные Feline immunodificiency virus (FIV) были выделены от других крупных кошачьих (например, Puma lentivirus), а наличие антител к антигену Gag у львов и других крупных кошачьих свидетельствует о существовании других вирусов, близких FIV и лентивирусам овец и коз. Вирусы ассоциируются с различными болезнями, включая иммунодефициты, нейрологические нарушения, артриты и др. Онкоген-вирусов нет.

Критерии подразделения на виды внутри рода.Для подразделения на виды используются следующие критерии: Нуклеотидный и аминокислотный сиквенс. Антигенные свойства. Спектр естественных хозяев. Патогенность.

На основе различий по спектру восприимчивых хозяев лентивирусы были подразделены на 5 групп (лентивирусы приматов, овец и коз, лошадей, кошек и КРС). Внтури группы лентивирусов приматов HIV-1 отличается от HIV-2, прежде всего по дивергенции нуклетидных сиквенсов, которая превышает 50%, и по наличию у HIV-2 гена vpx. Показана ограниченная перекрестная реактивность в ELISA на основе Gag-антигенов; по продукту гена env перекрестной активности нет.

Виды (10 видов):

Название вида вируса	Название на русском языке	№ генома в	Аббревиатура
Группа лентивирусов КРС
Bovine immunodeficiency virus	Вирус иммунодефицита КРС	M32609	BIV
Группа лентивирусов лошадей
Equine infectious anemia virus	Вирус инфекционной анемии лошадей	M16575	EIAV
Группа лентивирусов кошек
Feline immunodeficiency virus(Petu	Вирус иммунодефицита кошек(Петулума)	M25381	FIV-P
Felineimmunodeficiencyvirus(Oma)	Вирус иммунодефицита кошек (Ома)	FIU56928	FIVO
Puma lentivirus (PLV-14)	Лентивирус пум (PLV-14)	PLU03982	PLV
Группа лентивирусов овец и коз
Caprine arthritis encephalitis virus	Вирус артрита-энцефалита коз	M33677	CAEV
Visna/Maedi virus (strain 1514)	Вирус Висна-Мэди(штамм 1514)	M60609	VISNA
Группа лентивирусов приматов
Human immunodeficiency virus 1 Genomic clades of HIV-1 (examples): Clade A:U455 Clade B: ARV-2/SF-2 BRU (LAI) HXB2 RF MN Clade C: ETH2220 Clade D: NDK ELI Clade F: 93BR020 Clade H: 90CR056 Clade O: ANT70	ВИЧ 1 (Генетические группы (clades) HIV-1, примеры вирусов каждой группы)	M62320 K02007 K02013 K03455 M17451 M17449 U46016 M27323 X04414 AF005494 AF005496 L20587	HIV-1 HIV-1.U455 HIV-1.ARV-2/SF-2 HIV-1.BRU (LAI) HIV-1.HXB2 HIV-1.RF HIV-1.MN HIV-1.ETH2220 HIV-1.NDK HIV-1.ELI HIV-1.93BR020 HIV-1.90CR056 HIV-1.ANT70
Human immunodeficiency virus 2 Genomic clades of HIV-2 (examples): Clade A: BEN ISY ROD ST Clade B: D205 EHOA UC1	ВИЧ 2(Генетические группы (clades) HIV-1, примеры вирусов каждой группы)	M30502 J04498 M15390 M31113 X61240 U27200 L07625	HIV-2 HIV-2.BEN HIV-2.ISY HIV-2.ROD HIV-2.ST HIV-2.D205 HIV-2.EHOA HIV-2.UCI
Simian immunodeficiency virus African green monkey (agm) SIVs African green monkey TYO African green monkey 155 African green monkey 3 African green monkey gr-1 African green monkey Sab-1 African green monkey Tan-1 chimpanzee SIV mandrill SIV red-capped mangabey SIV sooty mangabey SIV-H4 *Rhesus (Maccaca mulatta) *pig-tailed macaque *stamp-tailed macaque (stm) sykes monkey SIV	Вирус иммунодефицита обезьян (ВИО) ВИО африканской зеленой мартышки ВИО африканской зеленой мартышки TYO ВИО африканской зеленой мартышки 155 ВИО африканской зеленой мартышки 3 ВИО африканской зеленой мартышки gr-1 ВИО африканской зеленой мартышки Sab-1 ВИО африканской зеленой мартышки Tan-1 ВИО шимпанзе ВИО мандрилл ВИО дымчатого мангабея ВИО-Н4 черного мангабея ВИО макак резус (Maccaca mulatta) ВИО свинохвостых макак ВИО медвежьих макак ВИО белогорлых обезьян	X07805 M29975 M30931 M58410 U04005 U58991 X52154 M27470 AF028607 X14307 M195499 M32741 M83293 L06042	HIV-2 SIV-agm. TYO SIV-agm.155 SIV-agm.3 SIV-agm. gr SIV-agm. sab SIV-agm. tan SIV-cpz SIV-mnd SIV-rcm SIV-sm SIV-mac SIV-mne SIV-stm SIV-syk

* - описана межвидовая передача SIV-sm (у содержащихся в неволе).