Лекционный курс по частной вирусологии Вирусы вызывающие болезни жвачных и однокопытных (стр. 9 )

Другие компоненты вириона. Липиды (17% массы вириона) имеют клеточное происхождение. Углеводороды, составляющие 9% массы вириона (гликолипиды и гликопротеины) имеют композицию и структуру, зависимые от клеток-хозяина (позвоночных или членистоногих). Сайты N-гликозилирования присутствуют у протеинов prМ (1-3 сайта), Е (0-2 сайта) и NS1 (1-3 сайта).

Организация генома и репликация. В инфицированных клетках обнаруживают только одну вирусную мРНК, которая имеет одну ORF (более 10000 оснований), кодирующую все структурные и неструктурные протеины, фланкированную по 5’- и 3’-концам короткими некодирующими участками (NCR). Хотя нуклеотидные сиквенсы дивергентны, предполагаемая вторичная структура 5’- и 3’-NCRs консервативна у разных флавивирусов. NCRs имеют консервативные участки, различающиеся у флавивирусов, распространяемых москитами или клещами. Длина 3’-NCR вируса клещевого энцефалита может значительно варьировать (45-800 нуклеотидов) и, в некоторых случаях, содержать внутренний поли(А)-тракт. Синтез РНК происходит на мембранах перинуклеарного эндоплазматического ретикулума. После трансляции исходной геномной РНК, запускается процесс репликации РНК, начинающийся с синтеза комплементарных негативных цепей, которые затем используются в качестве матриц для образования полноразмерных позитивных молекул РНК. Они синтезируются по полуконсервативному механизму с образованием промежуточных (содержащих как двухцепочечные участки, так и вновь синтезированные одноцепочечные молекулы) и репликативных (дуплексы молекул РНК) форм. Синетез негативных цепей в клетках, инфицированных флавивирусами, продолжается в течение всего цикла репликации. Трансляция обычно начинается с первого AUG ORF, но у флавивируосв, передающихся москитами, может также начинаться со второго внутреннего AUG, расположенного на 12-14 кодонов ниже. Полипротеин процессируется клеточными протеазами и вирусной NS2B-NS3 сериновой протеазой с образованием зрелых структурных и неструктурных протеинов. Топология протеинов относительно эндоплазматического ретикулума и цитоплазмы определяется внутренними сигналами и специфическими стоп-трансферными сиквенсами (stop-transfer sequences). Пролиферация и гипертрофия внутриклеточных мембран является характерной особенностью клеток, инфицированных флавивирусами. Репликативные комплексы осаждаются с мембранными фракциямии экстракта инфицированных клеток. Первоначально вирусные частицы могут быть обнаружены в шероховатом эндоплазматическом ретикулуме, который считается местом сборки вирионов. Затем такие незрелые вирионы транспортируются через мембранные системы секреторного аппарата клетки к ее поверхности, где происходит их экзоцитоз. Непосредственно перед высвобождением вириона протеин prМ разрезается фуриновыми или фурино-подобными клеточными протеазами с образованием зрелых вирионов. Инфицированные флавивирусами клетки высвобождают также неинфекционные субвирусные частицы, имеющие более низкий (по сравнению с целым вирионом) коэффициент седиментации (70 S против 200 S) и проявляющие гемагглютинирующую активность (медленно седиментирующий гемагглютинин, SHA).

Антигенные свойства. Все флавивирусы серологически родственны, что может быть продемонстрировано в ELISA или реакции ингибиции гемагглютинации с использованием поли - и моноклональных антител. Реакция нейтрализации более значима и может быть использована для определения отдельных серокомплексов более близкородственных флавивирусов. Оболочечный протеин Е является основной мишенью для нейтрализующих антител и вызывает образование протективного иммунитета. Протеин Е индуцирует, также, образование перекрестно реагирующих, но не обладающих нейтрализующей активностью антител. Антигенные сайты, участвующие в нейтрализации определены для всех трех структурных доменов протеина Е. АТ, специфичные prМ, взаимодействуют, в основном, с нейтрализованными вирионами.

Биологические особенности. Спектр естественных хозяев. Флавивирусы могут инфицировать различные виды позвоночных и, во многих случаях, членистоногих. Некоторые вирусы имеют ограниченный спектр восприимчивых хозяев-позвоночных (например, только приматы); другие могут инфицировать широкий спектр видов (млекопитающих, птиц и др.). Членистоногие обычно инфицируются во время прокормления на хозяине (позвоночном), во время виремии, или при ее отсутствии (последнее описано в отношении флавивирусов, передающихся клещами).

Пути распространения и родство по переносчику. Большинство флавивирусов являются арбовирусами и поддерживаются в природе путем передачи между кровососущими членистоногими (переносчиками) и позвоночными (хозяевами). Примрено 50% известных флавивирусов распространяются москитами, 28% - клещами, а остальные являются зоонозными агентами, распространяющимися между грызунами и летучими мышами при отсутствии известных векторов. В некоторых случаях цикл передачи не идентифицирован.

Географическое распространение. Флавивирусы распространены повсеместно, но некоторые виды встречаются в определенных эндемичных или эпидемичных районах, например, вирус желтой лихорадки (YFV) – в тропических и субтропических областях Африки и Южной Америки, вирус Денге (DENV) – в тропических областях Азии, Океании, Африки, Австралии и Америки, вирус японского энцефалита (JEV) – в Юго-Восточной Азии, вирус клещевого энцефалита (TBEV) – в Европе и Северной Азии.

Ассоциация с болезнью. Более 50% известных флавивирусов асоциированы с болезнями человека, включая такие опасные патогены как YFV, DENV (тип 1-4), JEV и TBEV. Болезни, вызываемые флавивирусами, могут быть ассоциированы с симптомами поражения центральной нервной системы (менингиты, энцефалиты), лихорадкой, артралгией, сыпью и геморрагической лихорадкой. Некоторые флавивирусы патогенны для домашних и диких животных (лошадей, свиней, овец, собак, индеек, куропаток, андатр) и вызывать экономически значимые болезни.

Критерии подразделения на виды внутри рода. Видовую принадлежность флавивирусов определяют по следующим критериям: нуклеотидный и аминокислотный сиквенс; антигенные свойства; географическое распространение; переносчики; естественные хозяева; ассоциация с болезнью; экологические характеристики.

Вирусы данного рода сгруппированы по серологическим характеристикам и в соответствии с преобладающими векторами.

Виды (53 вида):

Название вида вируса	Название на русском языке	№ генома	Аббревиатура
1. Вирусы, передающиеся клещами (tick-borne viruses)
Группа вирусов млекопитающих, передающиеся клещами
Gadgets Gully virus	Вирус Гаджетс Галли	AF013374	GGYV
Kadam virus	Вирус Кадам	AF013380	KADV
Kyasanur virus	Вирус Киассанур	X74111	KFDV
Langat virus	Вирус Лангат	M73835	LGTV
Omsk hemorrhagic fever virus	Вирус омской геморрагической лихорадки	X66694	OHFV
Powassan virus	Вирус Повассан	L06436	POWV
Royal Farm virus Karshi virus	Вирус Ройал Фарм Вирус Карши	AF013398 AF013381	RFV KSIV
Tick-borne encephalitis virus European subtipe Far Eastern subtype Siberian subtype	Вирус клещевого энцефалита Европейский субтип Дальневосточный субтип Сибирский субтип	M27157 X07755 L40361	TBEV
Louping ill virus Irish subtype British subtype Spanish subtype Turkish subtype	Вирус вертячки Ирландский субтип Британския субтип Испанский субтип Турецкий субтип	Y07863 X86784 D12937 X77470 X69125	LIV
Группа вирусов морских птиц, передающихся клещами
Meaban virus	Вирус Мибан	AF013386	MEAV
Saumarez Reef virus	Вирус рифов Саумарез	X80589	SREV
Tyuleniy virus	Вирус Тюлений	X80588	TYUV
2. Вирусы, передающиеся москитами (mosquito-borne viruses)
Группа вируса Ароа
Aroa virus Bussuquara virus Iguape virus Naranjal virus	Вирус Ароа Вирус Бусуквара Вирус Игуап Вирус Нараньял	AF013362 AF013366 AF013375 AF013390	AROAV BSQV IGUV NJLV
Группа вируса Денге
Dengue virus Dengue virus type 1 Dengue virus type 2 Dengue virus type 3 Dengue virus type 4	Вирус Денге Вирус Денге тип 1 Вирус Денге тип 2 Вирус Денге тип 3 Вирус Денге тип 4	23027 M19197 A34774 M14931	DENV DENV-1 DENV-2 DENV-3 DENV-4
Kedougou virus	Вирус Кедоугоу	AF013382	KEDV

Группа вируса японского энцефалита
Cacipacore virus	Вирус Касипакор	AF013367	СPCV
Koutango virus	Вирус Коутанго	AF013384	KOUV
Japanese encephalitis virus	Вирус японского энцефалита	M18370	JEV
Murrey Valley encephalitis virus Alfui virus	Вирус энцефалита Долиный Муррей Вирус Алфуи	X03467 AF013360	MVEV ALFV
St. Louis encephalitis virus	Вирус энцефалита Сент-Луис	M1661	SLEV
Usutu virus	Вирус Усуту	AF013412	USUV
West Nile virus Kunjin virus	Вирус Западного Нила Вирус Куньин	M12294 D00246	WNV KUNV
Yaounde virus	Вирус Яоунд	AF013413	YAOV
Группа вируса Кокобера
Kokobera virus Stratford virus	Вирус Кокобера Вирус Стратфорд	AF013383 AF013407	KOKV STRV
Группа вируса Нтайя
Bagaza virus	Вирус Багаза	AF013363	BAGV
Ilheus virus Rocio virus	Вирус Илхеус Вирус Росио	AF013376 AF013397	ILHV ROCV
Israel turkey meningoenc - ephalomyelitis virus	Вирус менингоэнцефало миелита израильских индеек	AF013377	ITV
Ntaya virus	Вирус Нтайя	AF013392	NTAV
Tembusu virus	Вирус Тембусу	AF013408	TMUV
Группа вируса Спондвени
Zika virus Spondweni virus	Вирус Зика Вирус Спондвени	AF013415 AF013406	ZIKV SPOV
Группа вируса желтой лихорадки
Banzi virus	Вирус Банзи	L40951	BANV
Bouboui virus	Вирус Боубоуи	AF013364	BOUV
Edge Hill virus	Вирус Эдж Хилл	AF013372	EHV
Jugra virus	Вирус Джугра	AF013378	JUHV
Saboya virus Potiskum virus	Вирус Сабойа Вирус Потискам	AF013400 AF013395	SABV POTV
Sepik virus	Вирус Сепик	AF013404	SEPV
Uganda S virus	Вирус Уганда S	--	UGSV
Wesselsbron virus	Вирус Весселсброн	--	WESSV
Yellow fever virus	Вирус желтой лихорадки	X03700	YFV
3. Вирусы, для которых членистоногие преносчики не известны (no known arthropod vector)
Группа вируса летучих мышей Энтеббе
Entebbe bat virus Sokoluk virus	Вирус летучих мышей Энтеббе Вирус Соколук	AF013373 AF013405	ENTV SOKV
Yokose virus	Вирус Йокос	AF013414	YOKV

Группа вируса Модок
Apoi virus	Вирус Апои	AF013361	APOIV
Cowbone Ridge virus	Вирус Cowbone Ridge	AF013370	CRV
Jutiapa virus	Вирус Джутиапа	AF013379	JUTV
Modoc virus	Вирус Модок	AF013387	MODV
Sal Vieja virus	Вирус Сал Виеджа	AF013401	SVV
San Perlita virus	Вирус Сан Перлита	AF013402	SPV
Группа вируса Рио Браво
Bukalasa bat virus	Вирус Букаласа летучих мышей	AF013365	BBV
Carey Island virus	Вирус Carey Island (остр. Carey)	AF013368	CIV
Dakar bat virus	Вирус Дакар летучих мышей	AF013371	DBV
Montana myotis leucoencephalitis virus	Вирус лейкоэнцефаломиелита Монтана	AF013388	MMLV
Phnom Penh bat virus Batu Cave virus	ВирусПномПен летучих мышей Вирус Бату Каве	AF013394 AF013369	PPBV BCV
Rio Bravo virus	Вирус Рио Браво	AF013396	RBV

Предполагаемые виды: Tamana bat virus (TABV), Cell fusing agent virus (CFAV)[M91671].