Научные разработки НИУ РАМН - практическому здравоохранению (стр. 36 )

Интерфейсом между подсистемой накопления информации и подсистемой статистической обработки служит механизм выборок, который осуществляет выборочный анализ собранной информации путем группировки карт по качественным и количественным признакам. Выборка пациентов из базы данных (либо существующей выборки) создается по любому из качественных признаков (либо их совокупности) и диапазону значений любого количественного параметра. Полученную выборку можно просмотреть в любой степени детальности, в режиме просмотра распечатать в текстовый файл пронумерованный список пациентов. Выборку можно модифицировать, добавив или исключив из нее пациента, упорядочив по фамилии или по номеру карты. Две выборки можно объединить. Выборку можно удалить.

Программа имеет локальную и сетевую версии. Разработка упрощает и ускоряет процесс обработки и анализа медико-биологических данных.

Требуемый объем инвестиций – 1250 тыс. руб.; срок окупаемости – 3 года.

Получено свидетельство о регистрации "База данных для научных исследований в области физиологии и патологии дыхания"(№ 000 от 01.01.2001 г.).

Имеется свидетельство о регистрации программы для ЭВМ «Автоматизированная система диспансеризации» (№ 000 от 01.01.2001г.).

Изготовлен и используется опытный образец, ведется работа по улучшению интерфейса.

7.2. Программы для ЭВМ

Компьютерная программа анализа электрофореграмм секвенирования ДНК SeqBase (Медико-генетический научный центр РАМН)

Программа SeqBase предназначена для анализа первичных результатов секвенирования по Сэнгеру (хроматограмм капиллярного электрофореза), полученных на автоматических генетических анализаторах и представленных в файлах формата ABIF (*.ab1).

Программа обеспечивает следующие возможности: 1) просмотр исходных электрофореграмм как в общем виде, так и раздельно по спектральным каналам; 2) кадрирование области анализа; 3) сглаживание сигналов; 4) ручная установка базовой линии по каждому из спектральных каналов; 5) сведение базовых линий по всем каналам; 6) ручная коррекция подвижности фрагментов ДНК в зависимости от типа флуоресцентной метки терминирующего нуклеотида. Входные данные программы SeqBase: файлы формата ABIF (*.ab1). Выходные данные: графическое отображение первичных и проанализированных хроматограмм капиллярного электрофореза.

Компьютерная программа SeqBase разработана для обеспечения адекватного анализа электрофореграмм на основе бережного отношения к первичным данным и аккуратного определения базовых линий в спектральных каналах отдельных нуклеотидов. Это особенно важно при рассмотрении результатов секвенирования матриц, отличающихся неэквивалентным нуклеотидным составом. В частности, это касается секвенирования ДНК, модифицированной бисульфитом натрия, применяемого для анализа состояния метилирования остатков цитозина.

Требования к системе: 32-разрядный (×86) или 64-разрядный (×64) процессор с тактовой частотой 1ГГЦ или выше, 250 Мб ОЗУ, 100 Мб свободного пространства на диске, ОС Windows XP или Windows 7, .Net Framework 4.0.

Регистрационный номер ЦИТиС 50201350019.

Внедрено в практику работы МГНЦ РАМН и I МГМУ им. Минздрава России.

Компьютерная программа дизайна геномных библиотек ReMark (Медико-генетический научный центр РАМН)

Программа ReMark предназначена для анализа принадлежности сайтов узнавания эндонуклеаз рестрикции к классу последовательности, заданной цепью Маркова первого порядка. Для оценки программа использует отношение правдоподобия последовательности в моделях, заданных двумя разными частотными матрицами.

Требования к системе: интернет-браузер с поддержкой стандарта HTML 4.0.

Входными данными программы являются модели последовательности, задаваемые цепью Маркова первого порядка и нуклеотидная последовательность сайта узнавания рестриктазы, для которой проводится оценка. Программа позволяет проводить оценку принадлежности классу нуклеотидной последовательности сайта узнавания рестриктазы, задаваемой пользователем. Также возможно проведение оценки для сайтов узнавания набора рестриктаз из списка в программе (получены из базы данных ReBase). Выходными данными программы является значение теста отношения правдоподобия для оцениваемой нуклеотидной последовательности сайта узнавания рестриктазы. При оценке сайтов узнавания нескольких рестриктаз выходные данные представлены в виде таблицы, позволяющей сортировку по вычисленному значению оценки принадлежности сайта узнавания классу последовательности.

Регистрационный номер ЦИТиС 50201350020.

Внедрено в практику работы МГНЦ РАМН и I МГМУ им. Минздрава России.

Программа FCS Reader (Медико-генетический научный центр РАМН)

Программа FCS Reader предназначена для чтения и обработки данных с устройств, выдающих данные в формате FCS версии 2.0. Программа разрабатывалась для обработки данных, полученных при сканирующей проточной цитометрии. Разработка программы была вызвана тем фактом, что штатная программа к устройству – FloMax не обладает достаточной функциональностью и не распространяется свободно без оборудования. Программа FCS Reader была реализована на языке Object Pascal помощи интегральной среды разработки Turbo Delphi 2006. Разработка, тестирование и отладка производились на основе данных с дектопа Fujitsu ESPRIMO класса E и операционной системы Windows XP (32-разрядная версия ).

Программа FCS Reader позволяет: открывать и просматривать данные формата FCS 2.0 без ограничения на размер файла (за исключением ограничений, накладываемых аппаратурой и операционной системой, установленной на ПК, на котором выполняется программа). Производить манипуляции с табличными данными, содержащимися в FCS-файле (копировать, вырезать, вставлять через буфер обмена в программы обработки табличных данных, такие как MS Excel, STATGRAPHICS Plus и т. п.). Сохранять данные как в формате FCS, так и в текстовом формате, что предоставляет возможность манипулировать с данными в текстовых редакторах и в программах обработки табличных данных. Представлять данные в логарифмической шкале, что удобно при расчётах. Строить гистограммы и графики на основе данных из FCS-файлов с возможностью сохранения их в формате графических файлов. Прореживать данные. Выделять на графике отдельную многоугольную (в том числе – прямоугольную) область и сохранять отображаемые в этой области, данные в отдельный FCS-файл. Многооконный интерфейс (возможность работать с одним или более FCS-файлами).

Регистрационный номер ЦИТиС 50201251166 (11.10.2012).

Внедрено в практику работы МГНЦ РАМН.

Компьютерная программа для ЭВМ «Система детекции и классификации ядер клеток буккального эпителия по изображениям с микроскопа» (НИИ общей патологии и патофизиологии РАМН; Московский институт открытого образования Департамента образования города Москвы)

По состоянию буккального эпителия оценивают степень воздействия химических и физических факторов среды на человека. В данной программе реализован алгоритм анализа цитологического препарата буккального эпителия для окраски среза ткани по методу Фёльгена. На первом этапе алгоритм осуществляет детекцию ядер и подсчёт их количества, а на втором этапе производится точный поиск границы ядер и сравнительный анализ и размеров. Также предложен метод быстрого выделения ядер неправильной формы, в частности, раздвоенных и повреждённых ядер.

Внедрение разработанной технологии автоматизированного анализа медицинских изображений позволит не только ускорить время обработки данных, но и существенно облегчит задачу комплексного анализа состояния исследуемой ткани или вещества и, как следствие, поможет специалисту более точно поставить диагноз.

Получено свидетельство о государственной регистрации ( г.).

Внедрено в практику работы Департамента образования г. Москвы.

Программа для ЭВМ «Программа скрининг-тестирования «ИммуноТест» (НИИ медицинских проблем Севера СО РАМН; )

С помощью программы для ЭВМ «Программа скрининг-тестирования «ИммуноТест» проводят обследование различных групп взрослого населения с целью выявления нарушений функций иммунной системы. В виде простых вопросов сгруппированы основные "ключевые" жалобы, возникающие при нарушениях функции иммунной системы. При положительных ответах на эти вопросы определяется риск развития иммунных нарушений, их длительность, тип, уровень и степень тяжести. На выходе программа выделяет иммунопатологические синдромы и дифференцирует иммунопатологию по длительности (транзиторная или стойкая), причине (врожденная, индуцированная или спонтанная), механизму (гипореактивная, гиперреактивная или сочетанная), уровню (макрофагально-фагоцитарная, клеточно-эффекторная, гуморально-эффекторная, регуляторная или комбинированная), по степени тяжести (легкая, среднетяжелая или тяжелая). По результатам обследования назначается адекватная терапия больных с иммунными нарушениями.

Получено свидетельство о регистрации программы для ЭВМ «Программа скрининг-тестирования «ИммуноТест» (г.).

Реализовано в практике работы НИИ медицинских проблем Севера СО РАМН.

Программа для ЭВМ «Количественный анализ спектрофотометрических данных сорбционно-десорбционного процесса для трёхкомпонентных смесей» (НЦССХ им. РАМН)

На основании анализа экспериментальных данных, полученных после спектрофотометрических измерений 3-х компонентных смесей лекарственных веществ в процессе их сорбции и десорбции из полимерных покрытий, разработана программа для ЭВМ, которая позволила автоматизировать математическую обработку данных спектрофотометрических исследований по оценке количества каждого из лекарственных веществ, разработать математическую модель их сорбции и десорбции, повысить точность расчета содержания каждого из компонентов в многокомпонентных смесях лекарственных препаратов.

Программа обеспечивает выполнение следующих функций:

-  расчет концентраций активных компонентов в сложных исследуемых растворах;

-  расчет количества сорбировавшихся и десорбировавшихся из покрытия лекарственных веществ в заданных единицах измерения, определение пролонгированности их выделения;